Als nach der Säkularisation im 19. Jahrhundert das Hochstift Regensburg und das Hochstift Passau an Bayern gefallen und damit das diesseitige Gebiet des Waldgebirges von Regensburg bis Passau durchgehend bayerisch geworden war, entstand der Begriff Bayerischer Wald.
Ein etwa 100 km langes und bis 1.456 m hohes Mittelgebirge wird der Bayerische Wald oder Bayerwald, an der Grenze zwischen Bayern und Tschechien, bezeichnet. Im Regierungsbezirk Niederbayern liegt der flächenmäßig größte Teil davon. Zusammen mit dem sich nordwestlich anschließenden Oberpfälzer Wald und dem südlich gelegenen Neuburger Wald bildet der Bayerische Wald das größte zusammenhängende Waldgebiet Bayerns.
Im Jahre 1970 entstand im Ostteil des Gebirges Deutschlands erster Nationalpark, der Nationalpark Bayerischer Wald. Dieser wurde 1997 um 11.000 Hektar erweitert und bildet somit zusammen mit Tschechiens Nationalpark Šumava eines der größten Schutzgebiete Europas.